Олег

По первому вопросу:
Посмотрите пожалуйста версию прошивки Вашего ПЛК, если прошивка очень старая сделайте перепрошивку на новую версию. (последнии версии были 2.0.2.8).Возможно у Вас очень старая прошивка из разряда тестовых версий. Если же версия прошивки у Вас свежая значит Вы просто забываете произвести загрузку "стартового" проекта в ПЛК, посмотрите в Codesys есть пункт "create boot project" (загрузочный проект), его надо обязательно запустить чтобы программа стартовала после включения питания. И последнее не забывайте что остановить действие программы можно и с внешних кнопок старт/стоп (случайно).
По второму вопросу:
Конечно гораздо удобней присвоить имена входам ПЛК и уже их использовать в программе, так удобней. В противном случае при использования маркировки %ххх может возникнуть необходимость преобразования типов данных.